Der Park teilt sich in fünf unterschiedliche topografische Regionen auf:

• Gezeitenzone: Liegt am Van Diemens Golf und umfasst die ausgedehnten Sand- und Schlickgebiete der Ufermündung. Das Brackwasser in den Flüssen lässt nur salztolerante Pflanzen zu. Es sind viele unterschiedliche Mangroven zu bewundern.
  
  
• Überschwemmungsebenen: Diese Region steht abhängig von den Wassermengen während der Regenzeit 2-6 Monate unter Wasser.
  
  
• Hügelland: Schließt sich an die Überschwemmungsgebiete an und bildet den größten Bereich im Park. Die gewellte Landschaft ist mit Termitenhügeln und Felsen durchsetzt.
  
  
• Escarpment: Eine 500km lange stark zerklüftete Abbruchkante.
  
  
• Arnhemland-Plateau: Schließt sich an das Escarpment an, charakteristisch ist der hier vorkommende Sandstein. Das Arnhem-Plateau liegt in einer Höhe von 350-300m.

Um den Park in seiner Schönheit zu genießen, sollte man für einen Besuch einige Tage einplanen. Die Wandermöglichkeiten sind sehr vielfältig und es gibt viel zu entdecken. Mehr als 1500 verschiedene Pflanzen und mehr als 300 verschiedene Vogelarten kommen im Kakadu Nationalpark vor.  Dazu kommen noch viele verschiedene andere Tierarten, wie die gefährlichen Salzwasserkrokodile, Wallabies, Kragenechsen aber auch Wildschweine und das Timor Pony sind anzufinden.

Ein guter Ausgangspunkt ist das Bowali Visitor Centre in der Nähe von Jabiru. Hier erhalten Sie viele Informationen rund um den Park. Informieren Sie sich über die Pflanzen- und Tierwelt im Park und auch über die aktuelle Situation im Park, sind Gebiete gesperrt etc. Im Warradjan Aboriginal Cultural Centre bekommen Sie eine guten Einblick in die Geschichte und die Natur der Aborigines. Besonders beliebt sind die Bootsausflüge ab der Yellow Water Lagoon, lehnen Sie sich im Boot zurück und genießen Sie die Vogelwelt und lassen Sie sich von den am Ufer liegenden Krokodilen beeindrucken. Abhängig vom persönlichen Zeitplan kann man den Kakadu Nationalpark noch auf der ein oder anderen Wanderung genießen. Denken Sie bei Ihren Ausflügen im Park immer an die hier lebenden Salzwasserkrokodile und verhalten Sie sich entsprechend vorsichtig. Vielleicht lassen Sie Ihren Besuch mit einem Rundflug über das Gebiet ausklingen und genießen so die Natur einmal aus der Vogelperspektive.

Auf dem Katherine River kann man neben den normalen Bootstouren auch mit dem Kanu erforschen. Auch wenn diese Methode anstrengender ist, lohnt es sich, weil man mit den Kanus den Fluß weiter hochfahren kann. Die Katherine Gorge ist ein sehr beliebtes Ziel bei Besuchern, aber mit dem Kanu erreicht man Gegenden, die sehr einsam und abgelegen sind.

Die beliebteste Jahreszeit für einen Besuch ist die trockene Periode von April bis Oktober. Am Ende dieser Zeit kann es in einigen Gebieten schon sehr trocken und verdörrt sein. Die wenigen Besucher, die während der Regenzeit kommen, müssen sich auf wirklich viel Feuchtigkeit einstellen, erleben dafür aber umso spektakuläre Wasserfälle und ein sattes Grün überall. Während der Regenzeit sind manche Straßen von der Parkverwaltung wegen Überschwemmung geschlossen.

Anfahrt: Es gibt zwei Zufahrtsmöglichkeiten zum Kakadu Nationalpark.

• Von Darwin über den Stuart und Arnhem Highway direkt in den Park (der Park liegt ungefähr 150km süd-östlich von Darwin.
  
  
• Über Katherine auf dem Stuart Highway bis Pine Creek und von da aus über Kakadu Highway bis in den Park